親も子も既に存在する場合

using UnityEngine;

public class NewBehaviourScript : MonoBehaviour
{
    [SerializeField, Tooltip("親")]
    Transform parent = null;
    [SerializeField, Tooltip("子")]
    Transform child = null;

    void Start()
    {
        // parent を child の親に設定
        child.SetParent(parent);
    }
}

上記のようなスクリプトファイルを，適当な GameObject にアタッチします。

UnityEditor 上でParentオブジェクトとChildオブジェクトを，親子関係にせず生成しましょう。

UnityEditor 上で作られたオブジェクト同士が親子関係になっていない画像 — まだ親子関係はない

Inspector ウインドウでParentとChildもアタッチして，Play します。

UnityEditor 上で作られたオブジェクト同士が動的に親子になっている画像 — 動的に親子関係が出来た

親は存在するが子は動的に生成する場合

using UnityEngine;

public class NewBehaviourScript : MonoBehaviour
{
    [SerializeField, Tooltip("親")]
    Transform parent = null;

    void Start()
    {
        // child の生成
        var child = new GameObject("Child").transform;
        // parent を child の親に設定
        child.SetParent(parent);
    }
}

上記のようなスクリプトファイルを，適当な GameObject にアタッチします。

UnityEditor 上で，Parentオブジェクトを生成しましょう。

UnityEditor 上で作られた Parent オブジェクトのみが存在している画像 — 子は動的に生成する

Inspector ウインドウでParentをアタッチして，Play します。

UnityEditor 上で作られたオブジェクトとスクリプトで作られたオブジェクトが親子になっている画像 — 動的に生成したオブジェクトが子に

子は存在するが親は動的に生成する場合

using UnityEngine;

public class NewBehaviourScript : MonoBehaviour
{
    [SerializeField, Tooltip("子")]
    Transform child = null;

    void Start()
    {
        // parent の生成
        var parent = new GameObject("Parent").transform;
        // parent を child の親に設定
        child.SetParent(parent);
    }
}

上記のようなスクリプトファイルを，適当な GameObject にアタッチします。

UnityEditor 上で，Childオブジェクトを生成しましょう。

UnityEditor 上で作られた Child オブジェクトのみが存在している画像 — 親は動的に生成する

Inspector ウインドウでChildをアタッチして，Play します。

スクリプトで作られたオブジェクトと UnityEditor 上で作られたオブジェクトが親子になっている画像 — 動的に生成したオブジェクトが親に

子も親も動的に生成する場合

using UnityEngine;

public class NewBehaviourScript : MonoBehaviour
{
    void Start()
    {
        // parent の生成
        var parent = new GameObject("Parent").transform;
        // child の生成
        var child = new GameObject("Child").transform;
        // parent を child の親に設定
        child.SetParent(parent);
    }
}